綜合計畫科：綜合業務、教育宣導、環境影響評估、資訊系統規劃管理與應用等事項。

空氣品質及噪音管制科：空氣污染防制、噪音與振動之管制、營建工程及空氣污染防制費徵收等事項。

水質及土壤保護科：水污染防治、海洋污染防治、土壤及地下水污染之整治等事項。

廢棄物管理科：廢棄物管理及公民營廢棄物清除處理機構管理、資源回收業務等事項。

環境檢驗科：辦理本市事業廢水、廢棄物、河川水質、飲用水等檢驗工作、河川水質監測工作。

環境衛生及毒化物管理科：飲用水管理、環境衛生、市容美化、病媒防治、毒性化學物質及環境用藥管理等事項。

清潔隊管理科：清潔隊勤務執行督導管考、清潔隊員管理及教育訓練、機具與車輛裝備之規劃、採購與維修及清潔車輛肇事處理等事項。

勞工安全衛生科：勞工安全衛生、勞資糾紛處理。

環境設施大隊：辦理垃圾掩埋場(含灰渣)、焚化廠、水肥廠、灰渣掩埋場、資源回收處理場等設施操作維護、污染防治及監督管理等事項。

環境稽查大隊：辦理環保陳情案件之稽查裁處，包括空氣污染、噪音、廢(污)水、海洋污染、廢棄物、環境衛生、資源回收等受理、稽查、取締、告發處分、罰鍰催繳與強制執行等事項。