機關組織架構圖說明：
本局設置局長、副局長(2人)、主任秘書、簡任技正(2人)、專門委員，其下設置綜合計畫科、空氣品質及噪音管制科、水質及土壤保護科、廢棄物管理科、環境衛生及毒化物管理科、清潔隊管理科、勞工安全衛生科、環境檢驗科、環境設施大隊、環境稽查大隊、秘書室、人事室、會計室、政風室及27區清潔隊。